Tæt på europæisk gennembrud i London! 

Den nye sæson, hvor man havde lagt sig fast på en 4-3-3-formation, blev indledt med gode resultater i både ligaen og pokalvindernes Europa Cup, hvor Karabakh Agdam fra Aserbajdsjan sammenlagt blev besejret med 10-0. 

I Superligaen slog løverne Brøndby i PAKEN, men begyndte til gengæld at få problemer på udebane, og medierne talte om et Jyllands-kompleks på grund af rækken af nederlag vest for Lillebælt. 

I september måtte Kent Karlsson desværre trække sig fra cheftrænerposten af personlige årsager, og Kim Brink overtog holdet indtil vinterpausen.
 
Den europæiske succes fortsatte med sammenlagt 6-1 over Levski Sofia og lagde dermed grunden til to høj-interessante kampe mod Chelsea med Brian Laudrup på holdet. I Superligaen begyndte holdet at spille bedre, men havde en tendens til kun at få uafgjort i stedet for sejr.
 
De to kampe mod Chelsea var velspillede og tætte opgør. Et imponerende stort antal københavnere tog til det første opgør i London og så et disciplineret FCK-hold spille lige op med det engelske klassehold. Et mål af Bjarne Goldbæk ti minutter før tid lagde op til en sensationel sejr, men desværre dukkede Marcel Desailly op foran Michael Stensgaards mål og udlignede i kampens overtid.
 
Returkampen blev næsten lige så dramatisk, men et hårdt kæmpende FCK-hold blev slået 1-0 på et hovedstød af Brian Laudrup. Trods nederlaget fik holdet vist, at det på en god dag kunne spille lige op med de bedste i Europa, og de to Chelsea-kampe var de første tegn på, at F.C. København en dag kunne indfri ambitionerne om europæisk succes. 
 
Kort tid efter Chelsea-kampen blev det på et tætpakket pressemøde offentliggjort, at Brian Laudrup skiftede til F.C. København fra årsskiftet. Samtidig tog Bjarne Goldbæk turen den anden vej og skrev kontrakt med Chelsea.
 
Ved årsskiftet tiltrådte Christian Andersen som ny cheftræner, men nåede kun én officiel kamp før samarbejdet ophørte. I stedet overtog Kim Brink cheftrænerposten for tredje gang, og resten af sæson blev meget svingende. Selv om tilskuertallene steg, var der for meget uro i og omkring truppen, og de ujævne præstationer rakte kun til en 7. plads.
 
I slutningen af maj meddelte Brian Laudrup, at han stoppede i klubben efter en kort, men hektisk periode i klubben, og han skiftede i stedet til AFC Ajax.